Na miestach súčasného dreveného artikulárneho kostola sv. Michala v Istebnom stála pôvodne malá kaplnka pochádzajúca z roku 1686.
V jeho interiéri sa nachádzajú vzácne maľby, barokový oltár s obrazom sv. Trojice, kazateľnica vo florentínskom slohu so sochami evanjelistov. Zvláštnosťou kostola je drevený kalich, ktorý má pripomínať staré časy, keď oravský ľud bol chudobný, ale bohatý duchom.
Kostol pochádza z čias náboženskej neslobody. Pôdorys chrámu má podobu stlačeného kríža s výraznou pozdĺžnou osou. Veľká štvorcová loď sa na východnej strane zužuje do oltárneho priestoru, kde je situovaná empora. Pod ňou sa nachádza malá sakristia. Organová empora postavená na opačnej strane má tvar písmena U. Organ z roku 1768 sa nezachoval, nový bol do kostola privezený v roku 1931. Drevený trámový strop v lodi viackrát vymenili.
